Chăn nuôi hữu cơ không có nghĩa là chỉ cho vật nuôi ăn thức ăn hữu cơ và tránh bổ sung thức ăn tổng hợp mà còn tập trung vào việc thỏa mãn các nhu cầu khác của vật nuôi trong trang trại nhằm bảo đảm tốt sức khỏe và phúc lợi vật nuôi, hạn chế tối đa những tác động bất lợi đối với vật nuôi như cắt đuôi, bấm nanh, buộc cố định, nuôi nhốt, … Như vậy, chăn nuôi không đáp ứng tiêu chuẩn hữu cơ, không đảm bảo phúc lợi động vật, không đủ diện tích nuôi và không sử dụng nguồn thức ăn hữu cơ sẽ không được phép tồn tại trong canh tác hữu cơ.